Территория санатория является продолжением восточного склона Ильменского хребта и имеет холмистый характер. Высота над уровнем моря 333 метра, почва — песчано-каменистая. Прекрасный, радующий взор ландшафт курорта сохранен в своей заповедной чистоте, благодаря удаленности промышленных городов. Климат курорта умеренно-континентальный. Восточный склон Уральского хребта защищает санаторий от северо-западных и западных ветров, а большой лесной массив и наличие двух огромных зеркал водной поверхности озер Теренкуль и Большой Кисегач смягчает континентальность климата здравницы. По климату Кисегач относится к одной из лучших местностей Урала. Здесь нет северных ветров, от них Кисегач защищен большим лесным массивом и Ильменским хребтом. Кисегач находится в хвойном лесу, и это его преимущество. Уникальные природные лечебно-оздоровительные возможности курорта являются основой для развития и построения всех лечебно-оздоровительных мероприятий.
